Сүүлийн жилүүдэд МУИС, МҮИС хэмээх хоёр нэр андуурагдаж, МУИС-д орох гэж байсан оюутнууд МҮИС-д орчихлоо гэх гомдол гарсан. Ингээд Л.Энх-Амгалан Боловсрол, шинжлэх ухааны сайд байх үедээ шүүхэд хандсан байдаг. Тэгвэл уг асуудал Дээд шүүхээс эцэслэн тогтоогдлоо. 

Тодруулбал, Дээд шүүхийн Захиргааны хэргийн танхимаас

• Анхан шатны шүүх, Давж заалдах шатны шүүхийн шийдвэр, магадлалыг хүчингүй болгож,
• Монголын Үндэсний их сургуулийн нэхэмжлэлийн шаардлагыг бүхэлд нь хэрэгсэхгүй болгон,
• Монгол Улсын Их Сургуулийн гомдлыг хангаж шийдвэрлэлээ. 

Улсын дээд шүүхийн тогтоол нь шүүхийн эцсийн шийдвэр бөгөөд Монгол Улсын Их Сургууль түүхэн нэрээ баталгаажуулахаар болов.